刑事赔偿程序是指公民、法人或其他组织行使刑事赔偿请求权，要求有关的国家侦查、检察、审判、监管机关履行刑事赔偿责任的程序。刑事赔偿程序作为国家刑事赔偿制度的重要组成部分，是受害人实现刑事赔偿请求权的有力保障。具体可以从以下三个方面理解刑事赔偿程序的含义：一是刑事赔偿程序一般由遭受侵害的公民、法人或其他组织提出赔偿请求而发生，在某些情况下也可以由赔偿义务机关在发现行使职权的行为侵害公民、法人或者其他组织的合法权益后主动提起。二是刑事赔偿是受害人向有关司法机关提出赔偿要求的程序。刑事赔偿中，接受赔偿请求，具体承担赔偿责任，支付赔偿费用的机关为赔偿义务机关。我国的赔偿义务机关为“作出错误司法决定或违法行使职权的司法人员所属的机关”，包括国家侦查、检察、审判、监管机关等。三是刑事赔偿程序是有关的司法机关履行刑事赔偿责任的程序。

在我国，根据《国家赔偿法》的规定，刑事赔偿案件的完整办理程序要经过赔偿义务机关先行处理程序、复议程序、法院赔偿委员会决定程序、救济程序、执行程序等。但如果赔偿请求人对赔偿决定无异议的，就没有必要过渡到复议程序和法院赔偿委员会的决定程序。只有对赔偿决定不服，或者没有在法定时限内作出赔偿决定，才有可能进入复议程序；只有对复议决定不服，或者没有在法定期限内作出复议决定，才有可能进入法院赔偿委员会决定程序；只有对法院赔偿委员会赔偿决定不服的，才有可能进入救济程序。

在《国家赔偿法》修改过程中，草案曾对顶“行使侦查、检察、审判职权的机关，依照刑事诉讼法的规定，决定撤销案件、不起诉、终止审理或者宣告无罪而终止刑事追诉程序、解除强制措施的，应当在作出上述决定、判决的同时，作出是否给予国家赔偿的决定。”以主动赔偿体现社会主义法治和执法为民的理念。但后来经征求意见，还是维持了以赔偿请求人申请赔偿为主的启动方式。